Baltymų ir mažų molekulių sąveikos kompiuterinis modeliavimas
Informacija apie disertacijos gynimą
- Doktorantas:
- VYTAUTAS RAŠKEVIČIUS
- Skelbianti institucija:
- Vilniaus universitetas
- Parengta institucijoje:
- Vilniaus universitetas
- Gynimo data ir laikas:
- 2017-09-22 15:00
- Gynimo vieta:
- Vilniaus universiteto Jungtinio gyvybės mokslų centro R401 auditorijoje (Saulėtekio al. 7, LT-10222 Vilnius)
- Disertacijos pavadinimas:
- Baltymų ir mažų molekulių sąveikos kompiuterinis modeliavimas
- Mokslo, meno kryptis:
- (T 005) Chemijos inžinerija (buv. 05 T)
- Vadovas:
- dr. Visvaldas Kairys (Vilniaus universitetas, technologijos mokslai, chemijos inžinerija – 05T).
Disertacijos gynimo taryba
Pirmininkas: prof. habil. dr. Arūnas Ramanavičius (Vilniaus universitetas, fiziniai mokslai, chemija – 03P).
dr. Saulius Gražulis (Vilniaus universitetas, technologijos mokslai, chemijos inžinerija – 05T);
dr. Vytautas Petrauskas (Vilniaus universitetas, technologijos mokslai, chemijos inžinerija – 05T);
prof. dr. Jolanta Sereikaitė (Vilniaus Gedimino technikos universitetas, technologijos mokslai, chemijos inžinerija – 05T);
dr. Artūras Žiemys (Hiustono metodistų tyrimų institutas, JAV, biomedicinos mokslai, biofizika – 02 B).
- Su disertacija galima susipažinti:
- Vilniaus universiteto bibliotekoje ir VU interneto svetainėje adresu: www.vu.lt/lt/naujienos/ivykiu-kalendorius
- Su disertacija galima susipažinti adresu:
- https://is.vu.lt/pls/pub/ivykiai.ivykiai_prd?p_name=63BA7C925A2EB86816CA56697412AD78/RASKEVICIUS%20Vytautas.pdf
- Skelbimą pateikė:
- Vida Dubonienė, (5) 2687095; 865556705, vida.duboniene@cr.vu.lt
- Pateikimo data:
- 2017-07-19
- Doktorantūros baigimo data:
- 2019-09-30
Anotacija
40 CA II slopiklių, benzensulfonamidų darinių su prijungtu pirimidinio žiedu, struktūros ir pKd verčių palyginamieji skaičiavimai buvo atlikti, naudojant dokinimo, LIE, metadinamikos ir QSAR metodais. Paskaičiuotosios pKd vertės buvo palygintos su eksperimentiniais duomenimis, siekiant išnagrinėti visų panaudotų metodų privalumus ir trūkumus, juos taikant slopiklių, prisijungusių prie CA II, tyrimui. Naudojant QSAR, buvo gauti teigiami rezultatai (R2 nuo 0,83 iki 0,89 tarp eksperimentiškai išmatuotų ir prognozuotų pKd verčių). Buvo išnagrinėtos galimos metodų sėkmingumo ar nesėkmingumo priežastys. Buvo pasiūlytas LIE metodo patobulinimas. Taikant pasiūlytąją LIE energijos skaičiavimo lygtį, metodo rezultatai žymiai pagerėjo (R2 tarp eksperimentiškai išmatuotų ir prognozuotų ΔGbind verčių padidėjo nuo 0,24 iki 0,50).
Naudojant gautus α–pakeistų α,β–nesočiųjų ketonų antiproliferacinio aktyvumo duomenis prieš NB4, MCF–7 ir A549 ląsteles-taikinius, buvo sukurti įvairūs 5 deskriptorių QSAR modeliai tų junginių antiproliferaciniam aktyvumui paaiškinti ir prognozuoti.
Buvo įvertinta tikimybė rasti naujus slopiklius su pasiūlyta panašių į metabolitus slopiklių paieškos strategija, naudojant Tanimoto struktūrinio panašumo įvertį, ir toji strategija sėkmingai pritaikyta slopiklių paieškai.
Naudojant gautus α–pakeistų α,β–nesočiųjų ketonų antiproliferacinio aktyvumo duomenis prieš NB4, MCF–7 ir A549 ląsteles-taikinius, buvo sukurti įvairūs 5 deskriptorių QSAR modeliai tų junginių antiproliferaciniam aktyvumui paaiškinti ir prognozuoti.
Buvo įvertinta tikimybė rasti naujus slopiklius su pasiūlyta panašių į metabolitus slopiklių paieškos strategija, naudojant Tanimoto struktūrinio panašumo įvertį, ir toji strategija sėkmingai pritaikyta slopiklių paieškai.